La naissance de la cité se situe au VIème siècle : l’arrivée, vers 620, d’un ermite du nom de Cyprien dans les grottes de Fages en surplomb du village serait à l’origine de l’installation d’une communauté religieuse et d’une population attirée par les riches terres alluviales de la Dordogne. Une église et un monastère sont donc construits. Ce dernier est attesté au XIème puisque, vers 1076, il est confié à Saint-Seurin de Toulouse.
Pillé par les Barbares en 848, Saint-Cyprien devient, aux XIIème et XIIIème siècles, un bourg entouré de remparts et de fossés, dont les maisons sont serrées en un enclos réduit autour de l’église et du prieuré. Quatre ouvertures permettent alors d’en contrôler l’accès : au nord-est la porte de Lavie, à l’est, celle de Gourdon, au sud, au bout de la rue du Lion, la Porte Neuve, et au nord-ouest, celle de Losse.
Le monastère appartient à l’ordre des Augustins et se développe. Bertrand de Got, prieur de Saint-Cyprien en 1300, archevêque de Bordeaux, qui deviendra en 1305 le pape Clément V, place ce monastère sous sa juridiction. Il existe encore une rue à son nom.
Près de l’église, se trouve une tour carrée fortifiée, percée de meurtrières, qui servira plus tard de clocher, aux murs épais, au sommet de laquelle se trouve une terrasse de guet.
C’est à peu près à cette époque, à l’emplacement d’un site gallo-romain, qu’est construite une petite forteresse, actuellement le château de Fages.
La principale voie de communication est la rivière Dordogne : le puissant archevêque de Bordeaux contrôle le péage de Saint-Cyprien, c’est-à-dire les droits d’établir et de percevoir le péage des gabarres sur la Dordogne.
De 1337 à Juillet 1453, date de la bataille de Castillon, Anglais et Français s’affrontent dans ce que l’on a appelé la Guerre de Cent ans. L’actuel département de la Dordogne fait partie du duché d’Aquitaine apporté aux Anglais par le mariage d’Aliénor et d’ Henry Plantagenet. La rivière Dordogne sert de frontière. Le bourg subit les destructions dues aux passages des troupes et des bandes de pillards composées de mercenaires à la solde des deux partis. Le quartier du haut de la ville possède encore une impasse Talbot et une maison à colombages dans laquelle aurait séjourné, à plusieurs reprises, le général anglais John Talbot, qui sera tué à la bataille de Castillon.
A la même époque, Saint-Cyprien compte un hôpital dans l’enceinte du couvent et trois hospices.
La ville est ensuite le théâtre des guerres de religions. En 1561, le culte protestant y est célébré. Puis en 1568, Le château de Fages est pris par les « Provençaux ». En 1585, devenu par mariage la propriété de Joachim de Montluc, frère de Blaise de Montluc, célèbre chef catholique, il tombe dans les mains des Huguenots. En Novembre 1587, les armées protestantes du vicomte de Turenne, en route vers Sarlat, envahissent Saint-Cyprien et les alentours. L’église et le prieuré sont incendiés à nouveau, de même que le château de Fages. Le tombeau du saint Cyprien est détruit, les archives brulées et le monastère ruiné. L’église devient alors une manufacture d’armes.
Vers 1685, la paix est enfin revenue : l’église et les bâtiments conventuels sont reconstruits, la tour de guet, réunie à l’église, devient clocher. Le prieuré passe sous la dépendance de Chancelade, toujours sous la règle de Saint-Augustin. Enfin, le bourg se développe, les remparts disparaissent en partie, et les fossés sont comblés.
La population se compose de paysans, d’artisans, de commerçants, notaire, apothicaire, propriétaires terriens et familles de vieille noblesse périgourdine.
Deux principaux ruisseaux coulent à Saint-Cyprien, le Moulant à l’est et le Merdassou au nord-ouest. Sur le premier, on trouve plusieurs moulins dont ceux de Fages, du Prieuré, et du Moulinal.
Le village va connaitre une certaine évolution : la commune prend alors le nom de Cyprien-sur-Dordogne, et elle élit son premier maire qui se trouve être également le dernier prieur de Saint-Cyprien : Joseph Prunis. Le monastère est déclaré bien national et il est racheté par la Commune en 1791. L’église devient alors « le temple de la Raison consacré à l’Etre Suprême ». Une société populaire regroupant de nombreux citoyens cypriotes est constituée.
En 1789, des foires se déroulent tous les seconds lundi du mois et d’autres ponctuellement au cours de l’année témoignant de la vitalité du bourg.
Autour de l’abbatiale, le vieux village nommé « Montmartre » est alors un quartier typique de Saint-Cyprien, très vivant et peuplé avec ses maisons serrées les unes contre les autres et ses venelles tortueuses en pente. Les rues et constructions n’obéissent à cette époque à aucun plan se contentant de suivre le relief des étroites ruelles appelées « carreïrous ».
Saint-Cyprien compte alors de nombreux petits commerces, échoppes et artisans ; des marchés et des foires aux oies et aux bestiaux sont organisés.
Les places sont notamment des lieux de commerces et de rencontres : celle du clocher, où se trouvaient un boulanger et une épicerie très bien achalandée, de la Halle avec son épicier, sa charcutière, son serrurier et son marchand de parapluies et d’ombrelles.
La place du Leu, et la rue du même nom, à l’est, près de l’église, derrière le clocher, tire son nom d’un lion de pierre imposant par sa taille et son poids. D’abord installé au milieu de la place, puis à proximité d’une fontaine, disparue en 1878, on peut encore le voir aujourd’hui enchâssé dans un mur.
Avec l’ère nouvelle, la ville, jusqu’alors installée au pied de Montmartre, va se développer dans la belle plaine de la Dordogne, en y créant routes, maisons, hôtels et restaurants, écoles, gare.
On y construit de nouveaux lavoirs, et l’eau est distribuée par la Fontaine de Lalba, ou »granda font » au barri de Villeneuve, au sud du village.
En 1825, Saint-Cyprien compte environ 2000 habitants, dont un juge de paix, un curé, deux notaires, un percepteur, un greffier. Le marché hebdomadaire se déroule le jeudi.
Il existe déjà, dès 1835, deux fours à chaux dans le village. Puis en 1861, sur la route qui va du village à Mouzens, sur les sites de Malemort et de Costegrand, deux usines à chaux et ciment, propriétés l’une de la Française des Chaux et Ciments de Saint-Cyprien, et l’autre de la SA des Ciments Portland de Chanez en Isère. Une autre usine existe déjà au lieudit les Tuilières. Pendant cent ans, à partir de 1880, l’industrie minière va augmenter et perdurer dans le bassin de Saint-Cyprien.
Tous les transports se faisaient alors par charrettes, bac et gabarres à partir du port du Garrit. L’installation de la gare en 1882 par la Compagnie du Chemin de Fer de Paris à Orléans va participer à l’essor minier : la ligne ferroviaire relie Sarlat à Bergerac. A cette occasion, il est construit la même année le pont de chemin de fer sur la Dordogne à la hauteur du lieudit le Garrit.
De 1854 à 1862, la « traverse », remplaçant l’ancienne route départementale n° 16, est tracée dans le village « d’en bas » : il faut aligner les maisons construites précédemment sans plan d’ensemble afin de créer une voie plus moderne et plus conforme aux critères de circulation. Elle est autorisée à s’appeler « rue Gambetta » en 1883.
En avril 1871, après d’intenses négociations avec l’Etat, Saint-Cyprien obtient d’abriter l’un des quatre magasins de Tabacs en feuilles existant en Dordogne dans l’ancien domaine des Augustins, couvent, dépendances et jardin, propriété de la Commune ; Ces entrepôts vont servir à conserver, durant la fermentation, une partie de la récolte de tabacs du Périgord Noir. Celle-ci est ensuite expédiée depuis la gare de Saint-Cyprien. Le bourg connait alors une nouvelle prospérité.
En 1884, il est mentionné un corps de Sapeurs Pompiers qui comptera dès 1907 un effectif de 19 engagés. C’est aussi l’année de la construction de l’école communale.
A la fin du siècle, le port de Saint-Cyprien sur la Dordogne, le Garrit, possédait encore trois bateaux de fort tonnage. (50 à 100 tonneaux). C’est en 1892 qu’est construit le pont du Garrit permettant, aux piétons et charrettes, de traverser la rivière sans passer par le bac du même nom, améliorant ainsi les livraisons des producteurs de tabacs aux entrepôts.
Dès le début du siècle, le rail va prendre le pas sur le transport fluvial. En 1903, l’usine à ciments d’Allas apporte ses marchandises à la gare de Saint-Cyprien par une voie « décauville » installée sur le chemin rural longeant la Dordogne.
La même année, l’éclairage public arrive à Saint-Cyprien.
En 1900, on installe des boites à lettres au foirail, (la place en face de l’actuelle mairie), à la gare et au clocher.
En 1904, l’électricité publique parvient au village, et en 1930, il est approvisionné en eau potable par la captation de la source du « Roc rouge » : vingt bornes-fontaines sont installées dans Saint-Cyprien.
Comme toutes les communes françaises, le village subira de plein fouet la guerre de 14-18 et y perdra de nombreux enfants. A la fin de l’année 1921, un monument aux Morts, en leur souvenir, est érigé.
En 1926, l’usine hydraulique du Prieuré est installée sur le ruisseau du Moulant.
Dans le domaine culturel, Saint Cyprien compte deux figures de la littérature : le docteur Pierre Boissel, (1872-1939) médecin des pauvres, poète et chantre de la culture occitane et Alberte Sadouillet-Perrin (1899-1999) historienne et écrivaine revenue dans son village natal, après avoir beaucoup voyagé, et dont les récits s’attachent à décrire, à l’aide d’anecdotes savoureuses et de souvenirs précis, la vie quotidienne de ses concitoyens.
Saint-Cyprien possède un blason « parti au premier d’une croix d’or pattée sur fond de gueule et au second d’un abbé d’argent debout, mitré et crossé sur fond d’azur » figurant à l’Armorial du Périgord de 1696 et qui « évoque symboliquement l’histoire de Saint-Cyprien ».